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Lorsque tous les critères de l’IHS ne sont pas remplis, lorsque la symptomatologie ou la fréquence des céphalées se modifie, une imagerie (IRM de préférence) avec injection de PDC pourra être réalisée à la recherche d'une cause organique sous-jacente (céphalées positionnelles : kyste colloïde, malformation d’Arnold-Chiari ; céphalées matinales : hypertension intracrânienne bénigne ; autres causes de céphalées : tumeur, lésions vasculaires comme un anévrysme ou une fistule durale…).

L'échographie peut permettre la recherche d'un épanchement, d'une synovite et peut guider une ponction et / ou infiltration. Elle peut également objectiver des anomalies des tissus mous périarticulaires (bursopathies, tendinopathies, kystes…).

L'échographie est indiquée en cas de rhumatisme périphérique, l’IRM en cas d'atteinte axiale.

L’IRM peut être utile en cas de doute diagnostique mais elle ne doit pas retarder la prise en charge chirurgicale.
Après détorsion chirurgicale, elle permet d’éliminer une lésion sous-jacente lorsqu’un doute persiste.

L’échographie peut être utile dans certaines topographies périphériques (métatarsiens par exemple).

Une IRM avec injection pourra être réalisée à la recherche d'un conflit vasculo-nerveux ou d'une lésion organique sous-jacente en cas d'atypies cliniques (hypoesthésie notamment) ou en cas d'échec d'un traitement médical bien conduit (bilan pré-chirurgical). La première cause de névralgie trigéminale non idiopathique du sujet jeune reste la sclérose en plaques.

Elle sera précisée après avis rhumatologique. Il importe d’éviter la multiplication des examens d’imagerie chez les patients fibromyalgiques.

L’IRM lombopelvienne sans injection est un examen de seconde intention utile en cas de découverte d ‘une adénomyose, de malformations congénitales ou d’une endométriose pelvienne afin d’en faire le bilan d’extension exhaustif. Une injection de produit de contraste peut être recommandée dans certains cas (découverte de varices pelviennes, d’un kyste ovarien, ou de doute diagnostique). En cas d’échographie pelvienne normale et d’examen clinique en faveur d’une endométriose pelvienne, une échographie pelvienne par un expert et une IRM lombopelvienne sans injection sera également indiquée.

L’échographie avec injection de produit de contraste ultrasonore est un complément très utile pour l’analyse de la perfusion du parenchyme rénal, et permet le diagnostic de thrombose artérielle/veineuse tronculaire sans nécessité de recours à un produit de contraste iodé ou gadoliné.
Cet examen spécialisé nécessite une expertise spécifique en imagerie urologique.

On peut compléter par voie endovaginale pour calculs bas uretères